中山政研博士班創設於2001年，為國內政治學界最國際化且最具修課彈性的最高學位。中山政研博士班以知識反思為起點，以「授課國際化」及「思辯力深化」為訓練過程。本所博士生在具學術熱情老師的指導下，共同創造出「自由學風、跨域對話」的學術氣氛，沉澱自己的同時並蛻變為具宏觀思考力及精準論述能力的高階領袖人物。本所入學的博士生除台灣之外，來自美國、加拿大、土耳其、馬來西亞、韓國、越南、印尼、菲律賓等。中山政研博士班的課程80%以英語或中英雙語進行，輔以每學期平均高達10場的國內外來訪學者的高品質學術講座，為博士生帶來豐富的學術靈感與思考的刺激。

本所博士班另一特點是「來中山留學-五年雙博士計畫」。中山政研與歐洲名校比利時魯汶大學（KU Leuven）在2016年建立了全國政治學門唯一獲教育部認可的雙聯博士學位制度。每年選送一名博士生，以「三年在中山兩年在魯汶」，五年拿下雙博士的獨特規畫，讓博士生在更短的時間內，培育出學術上競爭力及更寬廣的國際視野。

中山政研所博士班也是網路社會與治理（E-society）國際會議的港灣。這個自2013年起舉辦的國際會議將政治學、管理學、電腦科學、資料科學、經濟學、傳播學、心理學等學門，以跨學門合作對談的方式，共同研究網路時代重大研究議題（如網路民主、鍵盤動員、假新聞現象、選舉預測等）。結合資訊科學訓練及治理實踐，是本所一大特色，博士生在參與的過程中，培育自己接軌實務界的能力，以及貢獻學術界的熱忱。